Со растот на градовите во 19-тиот век, грижата за јавното здравје води кон развој на градски санитарни програми и изградба на канализациони системи. Седиментацијата и хемискиот третман на отпадните води започнуваат да се применуваат на крајот на 19-тиот век. Попрецизно, првите централизирани постројки за третман на отпадни води се појавиле пред окoлу 150 години. Секако, потребни биле децении за да се усвојат поригидни правила и практики.
Во 1972 година, во САД е усвоен т.н Clean Water Act. Дотогаш, третманот на водите од канализациониот систем на некои градови се потпирал на хемиски третман и филтрација, за потоа да се исфрли во реките и водотеците. Но, не се постапувало соодветно во однос на третирањето на индустриската отпадна вода со цел да се оневозможи интеракцијата на токсичните хемикалии со биолошките процеси користени кај овие постројки. Секако, по усвојувањето на овој акт, градовите започнуваат процес кој е познат како секундарно третирање, со кое се отстрануваат сите загадувачки органски материи од ефлуентот. Отпадната вода со високи концентрации на органски материи и нутритиенти исфрлена во водотеците, предизвикува размножување на бактерии кои креираат т.н „мртви зони“ во реките. Секундарниот третман во суштина ги чисти ефлуентите од микроорганизмите и органските материи, со цел исфрлената отпадна вода да има помал негативен ефект врз животната средина.
Примената на процесите на третирање на отпадните води има рапиден раст во последните 30 години, а денес секој организиран град на светот има некаква форма на централизиран систем за управување со отпадните води. Њујорк има 14 постројки за третман на отпадни води кои се справуваат со 4,9 милијарди литри отпадна вода на ден.
Принципот на работа на една постројка за третман на отпадни води е поделен во неколку фази. Прво, отпадната вода минува низ груба решетка (филтер) каде се отстранува грубиот отпад. На овој начин се овозможува отпадната вода непречено да минува низ пумпите и цевниот систем на постројката. Со решетката се отстранува најголем дел од грубиот отпад, и тој главно се носи на депонија, а мал дел продолжува во следната фаза – во коморите кои личат на базени, и во кои се таложат на дното. Овде се отстрануваат некои поситни цврсти честички – песок, отпадни материи од остатоци од храна и сл. И овој талог исто така се носи на депонии. Откако отпадната вода значително ќе се хомогенизира после овие операции, оди во примарните прочистувачи. Нивната улога е отстранување на честичките поголеми од 0,01mm, што се прави со нивно таложење на дното од овие прочистувачи. Од површината на водата постојано се отстрануваат разни маснотии и нечистотии, со помош на голема подвижна рака. Работата на овие прочистувачи се базира на принципот на подесување на брзината – брзина на која се таложат честичките. Инженерите мора да обезбедат брзина на доводната вода која нема да биде повисока од онаа која овозможува таложење на честичките. По напуштањето на примарните прочистувачи, отпадната вода веќе е ослободена од цврсти честички поголеми од 0,01mm, и сега е најзагадена со органски материи. Затоа, таа продолжува кон базените за аерација каде започнува секундарниот третман. Овде од дното се уфрла воздух со цел отпадната смеса да се збогати со кислород, а бактериите да ја „изедат“ органската материја. По оваа операција, отпадната вода изгледа многу почиста и се упатува кон секундарните прочистувачи. Тоа е финалниот процес на филтрација, каде се отсрануваат преостанатите органски материи. Продуктите од секундарната фаза се употребуваат како ѓубриво во земјоделството.
Завршниот процес во постројката за третман на отпадни води е дезинфекцијата. Се врши со хлор, озон, ултравиолетови зраци (или комбинација од нив). Оваа постапка е од клучно значење за јавното здравје, бидејќи се оневозможува појава на разни болести предизвикани од испуштањето на отпадната вода поради присуство на разни микроорганизми. Во најголем број случаи по завршениот третман, водата се испушта во реките и водотеците. Во регионите каде водата е навистина ретка и скапоцена, се користи уште еден циклус на третирање и се враќа во водоводниот систем.
Скопје сеуште нема постројка за третман на отпадни води. Започнувањето на нејзината изградба беше најавена за 2020 година.